Der Edelpage Johann und der König empfangen einen fahrenden Musikinstrumentenhändler auf dem königlichen Schloss. Der Händler möchte dem Hofnarren Pfiffikus einige Musikinstrumente verkaufen. Johann und der König sind davon allerdings nicht begeistert und setzten den Händler vor die Tür. Dabei verliert dieser allerdings eine seltsame kleine Flöte, die nur sechs Löcher hat. Damit diese unter keinen Umständen Pfiffikus in die Hände fällt, beschließt der König, die Flöte zu verbrennen. Gesagt getan. Als er sie jedoch in sein Kaminfeuer wirft, wird der Rauch zu beißend grünem Qualm, der im ganzen Schloss Alarm auslöst.
Nachdem das Feuer gelöscht ist, findet Pfiffikus in der Asche die unversehrte Flöte, sehr zum Leidwesen des Königs. Nachdem Pfiffikus die Flöte gereinigt hat, möchte er jedem Schlossbewohner ein kleines Ständchen bringen. Doch jeder, dem er etwas vorspielt, fängt an zu tanzen und fällt später in Ohnmacht. Die Flöte besitzt also Zauberkräfte! Als Johann dies herausfindet, fordert er Pfiffikus auf, ihm die Flöte zu übergeben. Doch Pfiffikus möchte sein neues Spielzeug nicht mehr hergeben und versteckt sie.
Der unglückliche Händler versucht seine Instrumente nun in einem nahe gelegenen Gasthaus an den Mann zu bringen. Jedoch hat auch hier keiner Interesse an seiner Ware. Erst als er die kleine Flöte mit den sechs Löchern erwähnt, wird ein zwielichtiger Gast, namens Bruno Böse, plötzlich aufmerksam. Er möchte dem Händler die Flöte abkaufen. Dieser jedoch erzählt, dass er die Flöte auf dem königlichen Schloss verloren habe. Bruno Böse macht sich sofort auf den Weg.
Während eines Banketts, trifft Böse auf Pfiffikus und bittet diesen, ihm seine Musikinstrumentensammlung zu zeigen. Er setzt mit der magischen Flöte Pfiffikus außer Gefecht und flieht. Nun plündert er jede Bank und jeden Goldschmied im ganzen Land aus und häuft so ein gewaltiges Vermögen an. Johann, Pfiffikus und seine Ziege Biquette verfolgen den Schurken, werden jedoch allerdings durch die Macht der Flöte auf Distanz gehalten.
In ihrer Not bitten Johann und Pfiffikus den weisen Zauberer Homnibus um Hilfe. Dieser erklärt den beiden, dass nur die Schlümpfe das Geheimnis der Flöte kennen. Daraufhin versetzt er die beiden in das verwunschene Land dieser kleinen, blauen Wesen.
Nachdem die beiden im Schlumpfdorf auf Papa Schlumpf treffen, verspricht ihnen dieser seine Hilfe: Er und die Schlümpfe fertigen für Johann und Pfiffikus eine weitere Flöte an, mit der sie die Macht der anderen Flöte brechen können.
Währenddessen besucht Bruno Böse seinen alten Komplizen, den Räuberhauptmann Baron von Finsterburg. Böse erzählt ihm, dass er mit Hilfe seines Reichtums Söldner anheuern will, mit denen er das Königreich stürzen und sich selbst zum König ausrufen will. Diese Söldner will er auf einer unbekannten Insel anheuern. Dabei werden die beiden jedoch von zwei Schlümpfen belauscht, die natürlich sofort Papa Schlumpf Bericht erstatten.
Jedoch wurden Johann und Pfiffikus von Homnibus aus dem Land der Schlümpfe zurückgeholt, bevor diese ihnen die neue Flöte übergeben konnten. Allerdings reist das ganze Schlumpfvolk den beiden nach und übergeben ihnen die Flöte. Mit Hilfe eines Fischers und einer gefälschten Nachricht, gelingt es Johann, Baron von Finsterburg hereinzulegen: Er führt Johann, Pfiffikus und vier Schlümpfe zu der geheimen Söldnerinsel. Dort entbrennt nach kurzer Zeit ein heftiges Flötenduell zwischen Pfiffikus und Bruno Böse. Dieser unterliegt. Baron von Finsterburg und Bruno Böse werden in Ketten gelegt. Johann, Pfiffikus und die vier Schlümpfe kehren mit ihren Gefangenen zurück ins Schloss, wo sie von dem König, Homnibus, den Schlossbewohnern und den restlichen Schlümpfen mit großer Freude empfangen werden.
